Après le premier Metal Gear, Kojima et Konami, sous l'effervescence de la réussite du 1er MG, voient bien que Metal Gear rapportera beaucoup à la société qui s'est lancée dans le vidéoludique à long terme. Toujours sous la tutelle de Kojima, MG2 prend donc forme et sort sur MSX et NES en 1990. Reprenant les personnages, l'univers et le scénario du premier épisode, MG2 est encore une grande réussite. Le fait est que l'histoire qui suit le premier épisode était d'autant plus intéressante et plus remplie de rebondissements que le premier. Le gameplay restait le même, et on devait toujours infiltrer une base à la recherche du nouveau Metal Gear. Les graphismes avaient été améliorés pour un meilleur rendu visuel et un plaisir de jeu rehaussé. Les musiques de Kazuki Maruoka prenaient la forme de bip bip pas très agréables, mais il avait mis la main sur certains thèmes intéressants qui auraient valu une adaptation orchestrée.

Nous sommes en 1999, la Terre est en proie à une pénurie de pétrole plus rapide que prévue. Dans son coin, le généralissime chercheur tchèque, le Docteur Kio Marv, met au point un organisme qui raffine le pétrole pour en faire un produit extrêmement pur qui pourrait remplacer le pétrole : L'OILIX. Malheureusement, un évènement grave se produit et la phase de crise revient. En effet, Le Docteur Marv est porté disparu et les autorités soupçonnent un pays de mercenaires d'être le commanditaire de ce kidnapping : Zanzibar Land. Ce pays a été fondé en 1990 et est peuplé par des soldats mercenaires surentraînés et dirigés par le soldat légendaire, ancien commandant en chef de FoxHound. Les Etats-Unis dépêchent le colonel Roy Campbell qui dirige actuellement l'unité de Haute Technicité FoxHound sur l'affaire. Il envoie sur la place forte de Zanzibar Land Solid Snake qui revient pour une seconde mission qui sera de ramener le docteur et l'organisme OILIX. Après avoir établi un contact avec les résistants, il semblerait que le Docteur Madnar Pettrovich, l'ingénieur du TX-55 Metal Gear (voir le jeu Metal Gear) soit retenu prisonnier et soit obligé de créer un nouveau Metal Gear : le Metal Gear D.