Soudainement capturé par un homme qui se dit être un agent du FBI, Snake est persuadé d'infiltré un centre de recherches. Ce qui l'attendait était un ingénieux piège impliquant l'armée Américaine et Venus, une agent qui tenait les cléfs de recherches top secretes et de la 3ème génération de Metal Gear. Tout le temps l'esprit de Snake était inondé de troublantes pensées tandis qu'il essayait de remettre ensembles les pièces de son passé fatidique.


Venus : Une femme soldat du département de la défense travaillant sous l'égide de Wiseman. Elle est déployée pour réprimer l'agitation dans la stratégie. Elle est solitaire et complètement dépourvu d'un quelconque sentiment de remord à décevoir ou à tuer.

Snake : C'est un mercenaire d'un age et d'une nationalité inconnue, il connaît les meilleures techniques de combat et c'est un expert en armes à feu. Un combattant résistant aux motivations obscures. Il est capturé par le FBI et est forcé de réaliser la mission...

AC!D2 vient avec un tutorial complet pas à pas pour les joueurs novices, aussi bien que pour les joueurs expérimentés dans le but d'apprendre et mettre à profit le " fun " et la profondeur du jeu. AC!D 2 utilise une interface plus dynamique où les joueurs peuvent contrôler directement Snake dès qu'ils appuient le " Move mode ". Avec une nouvelle visualisation en temps réel des commandes, les joueurs peuvent choisir plus intuitivement les actions les mieux adaptés à la situation. Ils peuvent aussi bien exécuter les action les plus familières de la série de Metal Gear comme s'accrocher, cogner contre un mur, se battre, ramper et ce à la pression d'un bouton. Le nombre de cartes a été plus que doublé et est passé de 200 à environs 500.

Des caractéristiques accrues ont été trouvée pour les nouvelles cartes incluant des cartes de liaison qui garantissent des bonus au joueur qui les détiennent dans son deck. Des cartes piégées qui inaugurent des effets variés dans des zones spécifiques. Les joueurs peuvent aussi utiliser une nouvelle fonction de classement pour rendre leurs cartes plus puissantes. Le mode multi joueur uniquement disponible pour les versions Américaines et Européennes de MGA est maintenant inclus pour toutes les versions dans MGA2. Ce multi joueur permet aussi de relier deux PSP entre elles et de faire des missions 1-contre-1 avec des règles particulières. Une nouvelle caractéristique ajoutée à MGA2 est un mode arène qui permet aux joueurs de se mesurer au différent boss de la série de MGS.


MGA2 utilise un nouveau et unique moteur graphique pour les personnages et les environnements, le Cell-Shading. Cette technique a été créée après de maint essais et problèmes à vouloir réaliser des graphiques proche du concept des bandes dessinées américaines. Cela a participé a améliorer les expressions visuelles. Cet effet est accentué par la forte personnalité du designer, Tsubasa Masao, et le choix des couleurs rend unique le style graphique de ce MGA2. En plus de ce Cell-Shading, de nombreux effets spéciaux mettent en valeur l'écran LCD de la PSP. Des effets dynamiques ont été utilisés pour donner une nouvelle expérience de jeu.

Power Graphixx, une équipe de design connue pour faire des images de synthèse pour des pubs, ont participé à la production de MGA2, et ont réalisé une partie du montage de la scène d'ouverture. Prenant un chemin bien à lui MGA2, dans sa scène d'introduction va projeter les joueurs dans le monde de Metal Gear.